Pierwszy budynek szkolny powstał we wsi Cisowa w 1862 roku. Była to wówczas szkoła jednoklasowa, licząca 58 dzieci, z jednym nauczycielem nauczającym w jednej sali.
Budynek ten był murowany, usytuowany na zachodnim brzegu rzeczki Cisowianka.
W 1919 r. obok starej szkoły powstał nowy budynek szkolny.

W latach dwudziestych szkoła awansowała do rangi szkoły 2-klasowej, miała dwie sale lekcyjne i mieszkania dla nauczycieli. Do września 1939 r. budynki te wykorzystywane były do celów szkolnych. W czasie trwania II Wojny Światowej służyły za szpital polowy.

W związku z budową portu w Gdyni z roku na rok przybywało w szkole uczniów. W roku szkolnym 1938/1939 Szkoła nr 9 w Cisowej liczyła 748 uczniów.

We wrześniu 1939 r. zajęcia lekcyjne miały odbywać się już w nowo wybudowanym dwupiętrowym budynku szkolnym przy ul. Chylońskiej, niestety wojna plany te pokrzyżowała.

W dniu 1 września 1939 r. w budynku szkoły rozpoczęła działalność Ludowa Szkoła Niemiecka nr 17, która działała do końca wojny.

Po wojnie zajęcia lekcyjne prowadzone były w dwóch budynkach: starym z 1919 roku oraz nowym, wybudowanym tuż przed wojną. W starym budynku uczyły się klasy I - III. Były tam dwie sale lekcyjne, mieszkanie kierownika placówki, a na poddaszu gabinet dentystyczny.
W nowej szkole po wykonaniu niezbędnych prac porządkowych i remontowych umieszczono klasy IV - VII.

Pierwszy powojenny rok szkolny zainaugurowano 23. 04. 1945 roku. Szkoła nosiła wówczas nazwę: Publiczna Szkoła Powszechna nr 9. Łączna liczba zapisanych uczniów wynosiła 727.
W ciągu następnych dwóch lat liczba uczniów wzrosła do 856, w tym czasie w szkole pracowało 19 nauczycieli.

W roku szkolnym 1947/1948 władze oświatowe wydały decyzję o powołaniu w szkole liceum. Od tego momentu szkoła otrzymała nazwę Państwowej Szkoły Ogólnokształcącej Stopnia Podstawowego i Licealnego w Gdyni Cisowej.

W 1962 roku nastąpił rozdział szkoły podstawowej i liceum, które przeniesiono do Gdyni-Chyloni.

Szkoła Podstawowa otrzymała numer 31, jej kierownikiem został pan Władysław Sarnowski.
W roku szkolnym 1962/1963 naukę rozpoczęło 439 dzieci w 14 klasach. Do pracy przystąpiło
14 nauczycieli.

W latach 1964 - 1987 szkołą kierował pan Zygmunt Kosznicki.

W latach siedemdziesiątych nastąpił dynamiczny rozwój budownictwa mieszkaniowego. Cisowa zaczęła się przekształcać w dużą dzielnicę Gdyni. Rokrocznie przybywało uczniów. Pracowano na trzy zmiany.

Dnia 10. 10. 1975 roku decyzją Kuratorium Oświaty i Wychowania w Gdańsku szkołę uhonorowano zaszczytnym imieniem Synów Pułku.

W latach siedemdziesiątych rozpoczęto rozbudowę szkoły. Do istniejącego budynku (F) dobudowywano budynki A, B, C, D i E (obiekt sportowy). Całość oddano do użytku w 1982 roku. Następnie rozpoczęto prace remontowe w starym budynku, który miał stanowić integralną część z nowym kompleksem. Całkowite oddanie szkoły do użytku nastąpiło w roku 1987.

W związku z odejściem na emeryturę pana Zygmunta Kosznickiego od początku roku szkolnego 1987/1988 dyrektorem szkoły został pan Janusz Węglarz. Funkcję tę pełnił do końca roku szkolnego 1994/1995.

W roku 1990 na mocy decyzji Rady Miejskiej szkołę przekształcono w Samorzadową Szkołę Podstawową nr 31 im. Synów Pułku.

Od 1 września 1995 roku dyrektorem SSP nr 31 został pan Aleksander Kuźmin.

W odpowiedzi na zmiany wprowadzone w systemie szkolnym przez reformę oświaty,
1 września 1999 r. utworzono Zespół Szkół: Szkoły Podstawowej nr 31 i Gimnazjum nr 12.

Z dniem 1. 09. 2017 r. zespół szkół, w skład którego wchodziła dotychczasowa sześcioletnia szkoła podstawowa i dotychczasowe gimnazjum, przekształcił się w ośmioklasową szkołę podstawową.